Przed I wojną światową muzułmanie polscy w zaborze rosyjskim zorganizowani byli w gminy wyznaniowe, które skupiały społeczności muzułmańskie z określonych terenów. Wszystkie gminy podlegały muftiemu z Krymu. Po I wojnie światowej i uzyskaniu przez Polskę niepodległości, zaczęły powracać do życia muzułmańskie gminy wyznaniowe, które na czas wojny zawiesiły swoją działalność. Zaistniała wówczas potrzeba stworzenia organizacji która skupiałaby wszystkich muzułmanów wszystkich gmin wyznaniowych w nowo odrodzonym państwie. Powstały w tym celu dwie organizacje. W 1919 roku powracający z Rosji Tatarzy polscy założyli w Wilnie Centralny Komitet Tatarów Polski, Litwy, Białorusi i Ukrainy. Zaś w 1923 roku muzułmanie warszawscy założyli Związek Muzułmański m. st. Warszawy. Obie organizacje stworzone były tylko przez pewną grupę muzułmanów i nie zaspokajały potrzeb wszystkich społeczności muzułmańskich w Polsce.
Działacze Centralnego Komitetu Tatarów Polski, Litwy, Białorusi i Ukrainy, oraz działacze Związku Muzułmańskiego m. st. Warszawy, na początku lat dwudziestych, dążyli do zwołania zjazdu przedstawicieli gmin muzułmańskich w Polsce. Chcieli oni by na zjeździe, wspólnie powołano jednolitą organizację, mającą skupić polskich wyznawców islamu. Zjazd ten odbył się w dniach 28 i 29 XII 1925 roku w Wilnie pod nazwą „Wszechpolski Zjazd Delegatów Gmin Muzułmańskich”. Zjazd uchwalił stworzenie organizacji religijnej wszystkich polskich muzułmanów-Muzułmańskiego Związku Religijnego. Zaistniała potrzeba uregulowania sytuacji prawnej nowopowstałego Związku. Wyłoniona w tym celu została komisja prawnicza, której zadaniem było opracowanie statutu MZR-u oraz projektu rozporządzenia o uznaniu przez władze państwowe tego związku. Zjazd powołał też urząd przywódcy religijnego polskich muzułmanów – muftiego. Na muftiego wybrano, drogą głosowania Jakuba Szynkiewicza, a na jego zastępcę Jakuba Romanowicza. Zniesione zostało w ten sposób fikcyjne prawo podporządkowujące polskich wyznawców islamu muftiemu na Krymie (stanowisko muftiego na Krymie zostało zniesione po rewolucji październikowej).
W 1936 roku statut Muzułmańskiego Związku Religijnego był gotowy i został zatwierdzony przez Radę Ministrów. Zgodnie z tym statutem najwyższą reprezentacją Muzułmańskiego Związku Religijnego był Wszechpolski Kongres Muzułmański zwoływany raz na pięć lat (do II wojny światowej kongres obradował tylko raz w 1938 roku). Całością spraw religijnych kierował, pełniący swą funkcje dożywotnio mufti, wraz ze swym zastępcą i organem pomocniczym – Najwyższym Kolegium Muzułmańskim. Siedziba muftiatu mieściła się niezmiennie od 1925 roku w Wilnie. Muftiemu podlegały gminy wyznaniowe ( przed II wojną światową było ich dziewiętnaście). Na czele każdej gminy stał imam. Gminy prowadziły własne szkółki religijne, nad którymi kontrolę sprawował mufti. Muzułmański Związek Religijny utrzymywał się ze składek członkowskich i dotacji państwowych. Imamowie i ich pomocnicy muezzini utrzymywali się dodatkowo z ziemi przy meczecie zwanej wakuf.
W 1936 roku uchwalona też została przez parlament ustawa o stosunku państwa do Muzułmańskiego Związku Religijnego. W myśl ustawy polscy muzułmanie pozostają w łączności religijno-moralnej ze swoimi współwyznawcami za granicą, tworzą własny związek religijny niezależny od żadnych władz obcokrajowych świeckich i religijnych (tzn. Muzułmański Związek Religijny). Muzułmański Związek Religijny otrzymał osobowość prawną co dawało mu możliwość posiadania majątku ruchomego i nieruchomego. Możliwe było korzystanie z ulg i zwolnień od podatków państwowych i komunalnych obiektów sakralnych. Mufti, imamowie i muezzini w prawie polskim uznani zostali za duchownych. Meczety i „duchowni” mogli od teraz korzystać z dotacji państwowych. W ustawie ustanowiono obowiązek odmawiania modlitw za pomyślność Rzeczypospolitej i jej Prezydenta podczas nabożeństw piątkowych, obowiązkiem była też organizacja nabożeństw w święta państwowe.
W okresie międzywojennym działalność muzułmańska rozwijała się. Muftiat jako organ kierujący życiem religijnym muzułmanów polskich, wydawał książki i posyłał, przy współpracy z rządem polskim, młodych muzułmanów do zagranicznych uczelni religijnych. Muzułmańska Gmina Wyznaniowa w Warszawie posiadała swój organ prasowy – „Przegląd Islamski”. Dążono do wybudowania w stolicy polski meczetu, jednak z braku funduszy świątyni nie wybudowano. Obok Muzułmańskiego Związku Religijnego istniał Związek Kulturalno Oświatowy Tatarów Rzeczypospolitej Polskiej, który skupił się na działalności edukacyjnej i kulturalnej wśród wyznających islam Tatarów polskich. ZKOTRP utrzymywał ścisłe stosunki z MZR. II wojna światowa przerwała działalność muzułmańską w Polsce.
Po zakończeniu wojny działalność MZR w RP została wznowiona w 1947 roku. Od tego czasu Związek nieprzerwanie działa na rzecz społeczności tatarsko-muzułmańskiej w Polsce.